劳动合同法第九条规定:用人单位招用劳动者,不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。

你公司要求你将毕业证,专业资格证书原件交由公司保管,可能有这样一种情况,国家对一些特殊行业要进行监管,对公司内的专业人员有从业资格的要求。因此,每年要进行年检审核,其中专业技术人员的证件就是年检的重点项目,被检查公司按国家的规定应有多少专业技术人员,而这些人员的学历,职称,岗位职业技能证书就是必检材料。
因此,单位保留你的相关证件可能与上述有关。如果是扣押证件就违法了。建议你与公司沟通一下妥善解决。
接收函要去人才服务中心办理(前提是你在网上预约好了,网页和公众号都要预约,具体需要什么看通知,反正我当时在毕业前办理带的是毕业生推荐表成绩单身份证户口本原件和复印件),学历验证那个很简单,去学信网就能弄了,不用钱的。
户口迁移证回你生源地派出所办理,记得带齐毕业证报到证身份证户口本接收函原件以及复印件。